En la Sacristía, construida en el siglo XVI, se conservan los restos de la mortaja del conde Sancho García, datada del siglo X. En la Sala Capitular se conservan restos policromados del primitivo claustro románico.
Destaca también su impresionante claustro de estilo gótico.
Este claustro obra de Simón de Colonia, conecta la iglesia abacial con las antiguas dependencias de los monjes que a lo largo de los siglos habitaron el monasterio.
En el ala norte del claustro, llamada la de los Caballeros, destacan seis sepulcros góticos pertenecientes a los Condes de la Bureba y el renacentista del obispo D. Pedro González Manso.